申論 1面臨氣候變遷之際，種原蒐集與保存，以及探勘種原之有益性狀／基因對於育種而言，是重要的工作項目。請描述建立核心種原目的與步驟，以及保存蒐集種原方法，並評估優缺點。若在蒐集水稻300個種原中，發現抗同一個稻熱病菌株有56個，將以何種方式來探勘此抗性基因？若在蒐集水稻300個種原中，發現只有1個種原具有抗新的稻熱病菌株，又將以何種方式來探勘此抗性基因？（30分）
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申論 2為了配合政府大糧倉計畫，推廣雜糧栽種面積。若要育成之玉米、薏苡之高產新品種，如何進行育種（包括育種方法的用途、目的與主要選種種類所帶來在育種選拔的效益）？（20分）
申論 3利用以操作DNA分子生物的工具應用於作物育種，稱之為分子育種。將下列三種情境以最適當、最有效率的分子育種方法來育成新的品系／品種，以改良溫帶型稉稻（Oryza sativa ssp. temperate japonica）耐旱為例，每個方法只能應用一次，並敘述為何使用選定的方法及其優點與缺點。（每小題10分，共30分）㈠此耐旱性基因經由研究，發現澳洲野生稻（O. australiensis）的基因和溫帶型稉稻的基因序列相比後，發現此耐旱性是因為由幾個鹼基對缺失（few-bp deletion）所造成而產生。㈡此耐旱性基因經由研究，發現只有存在澳洲野生稻（O. australiensis），是由5,000鹼基對（5 kb）轉譯成新的蛋白質而產生抗性。㈢此耐旱性基因經由研究，發現在熱帶型稉稻（O. sativa ssp. tropicaljaponica），由10,000鹼基對（10 kb）轉譯成新的蛋白質。
申論 4面對氣候變遷，需要從近源野生種擴大現有栽培種的基因池，來達到抗生物逆境、耐非生物逆境特性，以朝向韌性農業。然而，進行種間或屬間雜交常遇到一些困難。請說明遺傳上造成困難之處，以及常用於克服種間或屬間困難的方法。（20分）