申論 1後基因體時代，疾病的研究著重蛋白質體差異分析，以發現、鑑定在疾病發生與發展的生理、病理狀態下參與的蛋白質標的分子，做為疾病指標分子（disease marker）。㈠說明蛋白質體學在生物指標（biomarker）分子開發的意義。（5 分）㈡找尋一個受到外在環境或人體內部因子影響的動態蛋白質體，可做為高特異度的單一生物標記分子。試說明目前分析蛋白質體有那些方法？（5 分）㈢差異蛋白質體學分析平台對於疾病指標分子的搜尋較具直接的關係，說明SELDI-TOF MS 的原理以及所提供的優勢？（10 分）
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申論 2美國克雷格・芬特（Craig Ventor）2010 年創造第一個人工合成的細胞基因組（SyntheticGenomics）並製造合成生物有機體（synthetic biological organism）。㈠試說明基因改造生物體（genetic modified organism, GMO）與合成生物有機體所使用的實驗技術與目的有何異同。（10 分）㈡請說明你對於合成生命（synthetic life）對生態造成衝擊的看法。（10 分）
申論 3奈米生物技術帶來改善目前醫療的機會，安全和有效的高品質奈米醫藥隨時會出現。目前的法規對於這種新興療法的規範，顯然落後於技術的發展。㈠請就奈米醫藥的安全性，就劑量、傳輸、生物分布、生物可利用性及血腦障壁等因素做一剖析。（10 分）㈡奈米醫藥對醫療進展將有重大潛力，然而奈米微粒的大小、形狀、劑量所衍生的藥物物理性、化學性、毒理動力學、生物反應的可能風險為何？（10 分）
申論 4因為人類疾病常與蛋白質不當形成有關，因此反意療法（antisense therapeutics）在疾病治療有其發展潛力。㈠反意藥物（antisense drug）的設計原則為何？可能遭遇的免疫反應為何？（10 分）㈡反意寡合物（antisense oligos）如何被導入細胞？（5 分）㈢說明基因轉殖番茄（Flavr Savr tomato）如何抑制聚半乳醣醛酸酶（PG）？（5 分）
申論 5幹細胞具有無限分化的能力並可形成特化細胞。㈠試比較胚胎幹細胞（embryonic stem cell）和成體幹細胞（adult stem cell）的異同。使用胚胎幹細胞的爭議與缺點為何？（10 分）㈡說明誘導多功能幹細胞（induced pluripotent stem cells, IPS）為何可應用於自體器官的藥物治療篩選。（10 分）